Comment soigner le microbiote ?

Qu’est-ce que le microbiote ?

Le microbiote est un écosystème digestif composé de micro-organismes, tels que des bactéries, des virus, des parasites, des champignons non pathogènes. Le microbiote compte environ 100 000 milliards de bactéries et d’un peu près 1000 espèces différentes.

Quelles sont les fonctions du microbiote ?

Le microbiote a de nombreuses fonctions très importantes pour notre santé. Nous pouvons citer notamment les points suivants :

• capacité d’avoir une action favorable ou défavorable sur notre système immunitaire ;
• améliorer notre statut nutritionnel, en permettant une meilleure absorption des minéraux (calcium, magnésium, zinc, …) et une meilleure synthétisation de certaines vitamines (notamment les vitamines du groupe B, de la vitamine K) ;
• Améliorer la récupération énergétique des aliments ;

 

• Protéger contre les pathogènes (en permettant une meilleure résistance à la colonisation des pathogènes) ;
• Production d’acides gras, à chaîne courte, tels que le butyrate qui va avoir de nombreux effets positifs sur la santé comme par exemple une protection contre la malade d’Alzheimer ou le cancer du colon ;
• jouer un rôle sur le métabolisme (notamment en permettant le contrôle de la glycémie, une sensibilité à l’insuline, la gestion du poids, …) ;
• Capacité d’avoir un impact sur l’inflammation du corps ;
• Avoir un lien avec le cerveau et les pathologies en lien avec le cerveau, notamment l’anxiété, la dépression, … notamment par le fait que beaucoup de neurotransmetteurs sont fabriqués dans l’intestin.

Quelles sont les pathologies qui ont un lien avec le microbiote ?

Les allergies

Les bactéries du microbiote intestinal ont un lien avec le système immunitaire. Si certaines bactéries pathogènes sont présentes en trop grand nombres dans le microbiote ou si certaines bactéries amies ne sont pas assez présentes dans l’intestin, cela peut provoquer des déficiences du système immunitaire et par ricochet des allergies puisque ces dernières ont un lien avec une sur-activation du système immunitaire.

Les maladies auto-immunes

Des recherches récentes montrent que le microbiote peut favoriser le développement de maladies auto-immunes intestinales comme la maladie de Crohn ou la colite ulcéreuse et des maladies auto-immunes non intestinales comme le lupus, le diabète de type 1, la sclérose en plaque, etc.

Les maladies en lien avec le cerveau

Une mauvaise flore intestinale peut être impliquée dans l’autisme, le TDHA, les maladies neurodégénératives, la dépression, etc..

L’asthme

L’asthme a selon certaines études également un lien avec une mauvaise flore intestinale, notamment également en lien avec des déficiences du système immunitaire.

Le cancer

Le microbiote semble jouer un rôle critique dans le développement de certains cancers, particulièrement le sein et le cancer du colon. Il semble aussi avoir un lien avec les cancers hormono-dépendants.

Les maladies cardiovasculaires

Un mauvais équilibre entre les bonnes et les mauvaises bactéries présentes dans l’intestin peut provoquer de nombreuses pathologies cardiovasculaires.

L’obésité

Le microbiote permet de réguler le poids corporel. Un déséquilibre du microbiote peut amener à l’obésité. Une bactérie, l’akkermansia muciniphila, est notamment importante pour la régulation du poids. L’abondance de l’Akkermansia muciniphila est associée à un poids normal alors qu’une baisse est associée à l’inflammation, l’obésité et le diabète.

Le diabète

De plus en plus d’études montre un lien entre une dysbiose (déséquilibre au sein de la flore intestinale) et le diabète.

Les maladies liées à une mauvaise santé osseuse

Cela s’explique notamment par le fait qu’un microbiote sain augmente l’absorption des nutriments de l’os (calcium, vitamine D, K2, magnésium).

Les maladies de peau

Une mauvaise flore intestinale est impliquée dans de nombreuses maladies dermatologiques.

Comme vous pouvez le constater, un mauvais microbiote a un lien avec un peu près toutes les pathologies, des plus légères jusqu’aux maladies chroniques, qu’elles soient physiques ou psychiques.

Quel est le meilleur microbiote ?

Un bon microbiote nécessite certaines conditions. Je vous mentionne ci-dessous les plus importantes :

• Disposer d’une bonne diversité du microbiote. Cela signifie qu’il faudra manger le plus d’aliments différents et donc ne pas éviter certains aliments ou ne pas vous restreindre dans votre alimentation à moins qu’une éviction de certains aliments vous aient été imposé par votre médecin ;
• Disposer dans son microbiote de beaucoup de bactéries amies, de bactéries qui sont bonnes pour la santé ;

• Ne pas avoir trop de bactéries pathogènes dans votre microbiote, des bactéries qui si elles sont trop nombreuses peuvent provoquer de l’inflammation et des problèmes de santé ;
• Avoir assez de butyrate, un acide gras à chaîne courte, dans son microbiote. Cet acide va être protecteur contre de nombreuses maladies, notamment contre la maladie d’Alzheimer ou contre le cancer du colon ;
• …

Qu’est-ce qui détruit le microbiote ?

Certaines choses ne sont pas bonnes pour le développement du microbiote et d’autres l’appauvrissent. Nous pouvons notamment citer les points ci-dessous :

• Une naissance par césarienne. Certaines bactéries ne seront pas transférées de la mère à l’enfant quand la mère accouche par césarienne ;
• L’allaitement. Certaines bactéries ne coloniseront pas le microbiote si la mère n’allaite pas son enfant ;
• La prise fréquence d’antibiotique pendant la petite enfance va appauvrir le microbiote ;
• Une alimentation pauvre en aliments riches en fibres et en prébiotiques, ce qui représente le modèle classique d’une alimentation occidentale (fastfood, aliments hyper transformés, …) ;
• Une prise récente ou une prise fréquente d’antibiotiques ;

• La prise chronique de certains médicaments (AINS, IPP) ;
• Des diètes ou régimes restrictifs prolongées (FODMAP, diète cétogène, etc.) ;
• …

Quels sont les aliments bons pour le microbiote ?

• Des aliments riches en polyphénols (diète arc-en-ciel). Donc un régime alimentaire très diversifié avec le plus d’aliments différents et de couleurs différentes ;
• Des aliments riches en prébiotiques. Par exemple, ail, oignon, radis, asperges, … ;
• Des aliments lacto-fermentés. Par exemple de la choucroute, du kimchi, … ;
• Des aliments antibactériens. Par exemple, du miel, de l’aloe vera, … ;
• …

Pourquoi faire des analyses du microbiote ?

Les analyses du microbiote, par exemple par le biais des selles, permet de déceler précisément quelles sont les bactéries pathogènes qui sont trop présentes dans le tube digestif ainsi que les bactéries amies pas ou peu assez présentes dans le tube digestif. Cela permettra au nutritionniste de proposer à son patient des conseils nutritionnels précis en termes d’alimentation ou/et de compléments alimentaires (par exemple prébiotiques ou/et probiotiques, …) qui vont permettre de restaurer la flore intestinale.

Sans ces analyses, le nutritionniste ne pourra se fier qu’aux symptômes décrits par le patient et pourra lui prodiguer des conseils généraux qui semblent fonctionner pour la majorité des personnes dans une situation médicale identique.

Qu’est-ce que les analyses du microbiote peuvent révéler ?

La diversité et le type de famille de bactéries

Sur la page d’analyse ci-dessous, vous pouvez voir la diversité des types de bactéries présente dans le tube digestif. Vous pouvez constater que chez ce patient, la diversité n’est pas tout à fait suffisante, car elle se situe dans l’orange plutôt que dans le vert.

Cela peut s’expliquer par le fait que la personne ne consomme pas assez d’aliments différents ou que certains problèmes chez la personne, comme par exemple du stress, de l’angoisse, une hygiène de vie ou alimentaire pas assez bonne, une prise de médicaments trop importante, notamment des antibiotiques, …, fait que cette personne n’arrive pas à fixer toutes les bactéries présentes dans son alimentation.

Cela permet aussi de voir les principales familles de bactéries présentes dans le tube digestif et de voir s’il y a une bonne répartition entre ces différentes familles.

Cela permet encore de voir si le tube digestif produit suffisamment ou trop de butyrate, de lactate, de méthane, d’histamine, …. Ces indicateurs sont importants pour déterminer si vous disposez d’un bon microbiote.

Microbiote et risque de maladie

Les analyses du microbiote vont vous donner aussi des indications sur les risques de maladies que vous pourriez contracter si vous ne modifiez pas votre régime alimentaire et votre hygiène de vie.

Dans les analyses ci-dessous, nous pouvons constater que le patient n’a pas un risque de maladie métabolique, de maladies auto-immunes ou de maladies neurologiques. En revanche, il présente un risque léger à moyen de syndrome de l’intestin irritable et de maladies inflammatoires du tube digestif.

Ces analyses donnent également des informations sur la digestion des sucres (FODMAP). Le patient ci-dessous se trouve dans l’orange et a donc des difficultés à digérer les différents sucres. Un travail sur son microbiote pourra l’aider à mieux digérer les différents sucres.

Les différentes bactéries présentes dans le tube digestif

Les analyses du microbiote permettent de déterminer quelles sont les différentes bactéries présentes dans notre microbiote et si elles sont en quantité suffisantes ou insuffisantes.

Nous pouvons constater dans le cas ci-dessous que la personne manque de bifidobactéries et de lactobacilles. Il s’agit de bactéries qui sont très importantes pour le microbiote, notamment en lien avec le cerveau.

Les bifidobactéries sont notamment importantes pour :

• une résistance à la colonisation des bactéries pathogènes ;
• une stimulation et une modulation favorable à notre immunité ;
• une aide à la production de vitamines, notamment les vitamines du groupe B ;
• une protection contre l’insulino-résistance ;
• certaines souches produisent du GABA qui est un neurotransmetteur et une sorte d’anxiolytique naturel ;
• un rôle protecteur contre la perméabilité intestinale et les troubles de l’humeur ;
• pour digérer les fibres de type FOS (fructo-oligosaccharides) et inuline ;
• …

 

Les lactobacilles sont notamment importantes pour :

• une résistance à la colonisation des bactéries pathogènes ;
• production de lactate ;
• certaines souches de lactobacilles produisent du GABA ;
• aide à transformer les polyphénols
• antibactériens ;
• ….

Il sera dès important dans le cas du patient présenté ici d’augmenter ses bifiobactéries et ses lactobacilles afin d’améliorer son microbiote et sa santé. Cela pourra se faire par le biais de l’alimentation ou par la prise de probiotiques.

Il pourra aussi être important d’apporter des enteroccus qui sont en quantité insuffisantes chez le patient et qui sont importantes pour l’immunité et diminuer certaines bactéries pathogènes.

Champignons dans le tube digestif

On voit également dans les analyses du patient qu’il a certains champignons dans son tube digestif en trop grande quantité. Il sera important d’apporter des changements dans son alimentation pour modifier son microbiote. Des antibactériens et des antifongiques vont également aider à faire diminuer les champignons et moisissures présents en trop grande quantité dans le tube digestif.